Действие S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky происходит в 2011 году, за год до событий оригинальной игры S.T.A.L.K.E.R. Группа сталкеров впервые достигает самого сердца Зоны — Чернобыльской АЭС — и вызывает катаклизм на грани катастрофы.

Огромный взрыв аномальной энергии преображает Зону: когда-то надежных и относительно безопасных дорог уже нет, ландшафт очищается от вспышек аномалий, а на карте Зоны появляются ранее неизвестные районы. Сталкеры и экспедиции погибают или оказываются изолированными в пределах утраченных территорий.

При аномальной активности на максимуме нестабильная Зона продолжает трепетать от вспышек. Преобразование карты Зоны дестабилизирует хрупкий баланс сил в Зоне.

Боевые действия за новые территории, поля артефактов и сферы влияния вспыхивают среди групп. Старых врагов и друзей больше нет — теперь все следят только за собой.

Война фракций началась. Главный герой — наемник, появившийся на краю противостояния между сталкерскими фракциями, Стрелком и даже самой Зоной.

Главный герой испытывает ключевую роль в событиях, которые привели к созданию Зоны вплоть до того момента, с которого начинается оригинальная игра S.T.A.L.K.E.R. Какие новые вызовы ждут сталкеров в глубинах новой зоны? Почему аномальные вспышки продолжают сотрясать Зону, и что можно сделать, чтобы остановить их? Какая фракция возьмет верх в войне фракций? На эти и многие другие вопросы будет дан ответ в официальном приквеле - S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky.