Врата рая закрыты; царство ада поглощено потопом. И вслед за ними отмирают бесчисленные параллельные миры, один за другим.

Выжившие ангелы и демоны собираются в городе, который, по их мнению, является их последним шансом на спасение: плавучее чистилище «Токийский Вавилон». Присоединившись к людям, они отправляются в паломничество через семь слоев Вавилона, надеясь подняться на Лестницу Иакова, чтобы вновь открыть врата Небес.

Путешествие их будет искуплением к небесам. И все же их планы рушатся, когда группа паломников — их умы, поглощенные безумием, — отправляются властвовать над многочисленными слоями Токийского Вавилона с намерением нанести полный и полный ущерб плавающему чистилищу.

В этом бесконечном тупике одинокий юноша спасается от руин своего опустошенного мира - Тенду Сетсуна, человек, который отрицал человеческое обращение с рождения. Присоединившись к своему спасителю Лилит, известной как Ведьма Ночи, он начинает свое путешествие через Токийский Вавилон, желая получить ответ на один вопрос: Почему у него есть желание продолжать жить.