История После событий Muv Luv Unlimited: The Day After 01 лейтенант Тацунами Хибики теперь провозглашен героем Сиэтла — титул, который он считает незаслуженным. Но, несмотря на свою вновь обретенную славу, у него нет времени отдыхать на лаврах, потому что ждет совершенно новый вызов! Ее Высочество Сёгун приезжает в Сиэтл и вместе с ней завод по производству синтетических продуктов питания, который может стать ключом к прекращению продовольственного кризиса в Японии раз и навсегда.

Наконец, после нескольких месяцев борьбы, кажется, что судьба человечества меняется. Но семена разделения между людьми укоренились, поскольку невидимые враги прячутся в тени, ожидая подходящей возможности нанести удар и уничтожить любую надежду на обеспечение мирного будущего.

Пока Хибики борется за свою репутацию, насколько далеко он готов пойти, чтобы защитить Империю и ее народ?