После эвакуации Большого Босса и Кадзухиры Миллера с осажденной материнской базы в небе открывается червоточина и поглощается морской завод, а также оставшиеся солдаты MSF. Солдаты переносятся в альтернативную реальность вместе с останками базы Матери, чтобы найти мир, полный враждебных, кристаллических зомби-подобных существ, известных просто как существа.

Их цель - найти материалы и сделать все возможное, чтобы вернуться в свой собственный мир. Чтобы найти эти материалы, выжившие должны работать вместе, чтобы убить существ и исследовать их окружение.